乳腺炎是奶牛中常见的疾病之一，由于产奶量降低和牛奶质量下降而给乳业造成经济损失（Hertl等，2014）。牛支原体（M. bovis）是一种新发现的乳房病原体，可引起奶牛群的乳房内感染（IMI）（Nicholas and Ayling，2003； Maunsell等，2011）。牛支原体通常被分类为一种传染性乳腺炎病原体，主要在挤奶过程中在奶牛之间传播（USDA APHIS，2008； Ruegg，2012； Royster and Wagner，2015）。牛支原体可能引起亚临床或轻度的临床乳腺炎，并可能发展为慢性感染。但是，也可能发生严重的临床乳腺炎暴发（Bushnell，1984； Pothmann等，2015； Ruegg和Erskine，2015）。牛支原体经常定居在呼吸道粘膜中，并可能引起呼吸道疾病（Rosengarten等，2000； Maunsell和Donovan，2009）。牛支原体引起的中耳炎和关节炎也发生在犊牛中（Maunsell等，2011）。在牛支原体阳性的奶牛群中，牛支原体感染传播到犊牛的过程是通过含牛支原体的未经巴氏杀菌的生乳发生的（Maunsell和Donovan，2009）。牛初乳和生乳的热处理或巴氏灭菌已被用于减少和消除可能的病原体，包括牛支原体（Stabel等，2004； Godden等，2006）。然而，据我们所知，尚无研究评估牛初乳中牛支原体的存在或流行，并将其作为从奶牛传播到小牛的可能危险因素。
几十年前在北美和欧洲发现了支原体（Fox等，2005； Fox，2012），但是牛支原体乳房内感染（下称IMI）的内部流行尚未得到广泛研究。2014年在Murai等人进行的一项研究中，在两个牛群中检测到牛支原体IMI的牛群内感染率为2.8％（n = 1210，95％CI 1.9; 3.7）和0.6％（95％CI = 0.0，1.4） 。 此外，2014年11月在一个爱沙尼亚奶牛群中鉴定出牛支原体IMI的牛群内流行率为17.2％（n = 522,95％CI 14.1; 20.8）（Timonen等人，2017）。但是，目前还没有公开的综合研究来评估牛支原体IMI的内部流行，这将有助于人们对疾病模式的了解。聚合酶链反应（PCR）可快速检测奶罐牛奶样品和奶牛复合牛奶样品（CMS）中乳房病原体的DNA，比细菌培养具有更高的灵敏度，并且无需事先进行细菌学检查（Ghadersohi等，1999; Fox等。 ，2005； Koskinen等，2010）。 PCR应该是使用复合牛奶样品（CMS）估算牛支原体IMI牛群内流行率的适当分析，因为它是一种经济高效的诊断工具，对大型牛群具有足够的敏感性（Muraiet等，2014）。如今，分子流行病学方法被用于识别奶牛场内和奶场之间的感染源，乳房病原体的感染和传播（Gurjar等，2012）。多基因座序列分型（MLST）（Lysnyansky et al。，2016）和核心基因组MLST（cgMLST）（Haapala et al。，2018）已成功用于鉴定分离自患有乳腺炎的牛的牛支原体。对牛支原体菌株进行基因分型可以在牛群和动物水平上比较牛支原体菌株，并提供有用的工具来鉴定牛支原体的不同传播途径。这项研究的目的是通过使用合并的复合牛奶样品，评估四个爱沙尼亚奶牛群中牛分枝杆菌IMI的牛群内流行情况。这项研究的第二个目的是通过使用复合牛奶样品评估牛初乳支原体在牛初乳和临床乳腺炎病例中的患病率。此外，该研究旨在比较从牛临床乳腺炎单个乳房牛奶和犊牛呼吸道样本中分离出的牛支原体的基因型。
来自爱沙尼亚大学和芬兰食品管理局的科学家为了确定四个乳牛群中牛支原体（M.）乳房内感染（IMI）在牛群内流行情况的动态，估算初乳和临床乳腺炎病例中牛支原体的患病率，并比较犊牛的呼吸道牛支原体菌株和母牛的临床乳腺炎牛支原体菌株。在六个月的研究期内，在常规牛奶记录过程中，采集了3次奶牛复合奶样品（CMS），所有产犊牛的初乳样品和临床乳腺炎病例的单个乳房牛奶样品。初乳样品从患有呼吸系统疾病的小牛身上采集。采用丹麦DNA Diagnostic A / S公司的M4B qPCR检测试剂盒（DNA Diagnostic A / S）检测复合牛奶样品中的牛支原体。在R统计程序中使用贝叶斯框架分析方法计算患病率估计值。 cg-MLST用于牛支原体基因分型。从奶牛和犊牛分离出的牛支原体菌株在畜群内存在，表明牛支原体可能在奶牛和牛犊之间传播。 在六个月的研究期内，估计的牛支原体乳房内感染（IMI）的平均牛群内流行率在四个奶牛群之间变化范围在0.4％至12.3％之间。 在地方性感染奶牛群中，牛支原体感染在牛初乳、临床乳腺炎病例和乳房内感染（IMI）的患病率均较低。 从牛犊和牛身上分离出的牛群特异牛支原体菌株表明病原体在不同年龄的牛之间循环。此外，进一步的分子流行病学研究应评估牛支原体在奶牛群中的传播途径。
在牛初乳和临床乳腺炎病例中，牛支原体乳房内感染（IMI）和牛分枝杆菌的流行率在地方性感染奶牛群中较低。 从牛犊和牛身上分离出的牛群特异牛支原体菌株表明病原体在不同年龄的牛之间循环。 自从该疾病引入以来，应该在更长的时期内进行进一步的研究，以评估牛支原体乳房内感染（IMI）的动态。 此外，进一步的分子流行病学研究应评估牛支原体在奶牛群中的传播途径。
