荧光定量PCR仪是由荧光定量系统和计算机组成，用来监测循环过程的荧光的产品，与实时设备相连的计算机收集荧光数据。数据通过开发的实时分析软件以图表的形式显示。原始数据被绘制成荧光强度相对于循环数的图表。
原始数据收集后可以开始分析。实时设备的软件能使收集到的数据进行正常化处理来弥补背景荧光的差异。正常化后可以设定域值水平，这就是分析荧光数据的水平。
为保证荧光定量PCR仪的有效运行、控制系统误差、减少偶然误差，使结果准确、可靠，使用过程中请检验实验室工作人员仔细阅读。
仪器的保养及维护：
1、仪器表面清洁，仪器的表面应定期用软布加少量清水擦洗，清洗后将仪器擦干。若有试剂泄漏在仪器表面，应用软布加70%酒精擦拭干净。
2、反应孔清洁，反应孔沾染灰尘或杂质后，会影响PCR扩增和荧光检测，因此要定期清洁，一般3个月一次，可用吹气球轻轻吹拭。为了防止灰尘进入反应孔，仪器不使用时，必须关闭滑盖。
清洁荧光定量PCR仪前必须关闭电源，并拔掉电源线。不要将液体倾倒在反应模块中或者仪器内部。不能用强腐蚀性溶剂或者有机溶剂擦洗仪器。
3、保护仪器
不要频繁开关仪器，两次开关间隔时间不得低于30秒。实验结束后不要立即关闭电源，保持待机状态10分钟后（此时仪器内部风扇仍在持续工作），待模块温度降至室温再关闭电源。
4、过热保护
荧光定量PCR仪的加热系统设有过热保护装置，当加热系统发生故障，温度值超过允许范围的上*，保护装置会自动断开，并不可恢复；此时，加热系统无法继续正常升降温。
