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蛋白质在生物学中扮演着重要的角色。因为蛋白质的电荷和大小不一样，从蛋白质混合物中分离纯化出有功能活性的蛋白质一直以来都是一个挑战。在蛋白质纯化方面得另一个挑战是可以用来进行蛋白质纯化的起始原料受到限制；有时只有微克量的蛋白质可以用于纯化，使得目前大多数蛋白质纯化方法不太适用。

在PEP 技术中，蛋白质混合物通过改进的一维和二维电泳技术进行*步分离，这个改进的方法提供了很好的分辨率同时仍能保持蛋白质的功能活性。接下来有效地将凝胶电泳中的蛋白质转移到特殊设计的384 孔的蛋白质洗脱平板上。然后将PEP 平板上的样品进一步转移到另一个384 孔的主平板上，主平板中的样品，其中的一部分样品转移到蛋白质功能分析平板中进行功能试验来确定酶活性或蛋白质功能。对于有活性的样品，可以从384 孔主平板中取得另一份样品，通过标准的SDS-PAGE（聚丙烯酰胺凝胶电泳）来测试每个孔中的蛋白质的纯度。如果需要的话，可以用质谱分析的方法来鉴定相应的酶或功能蛋白质，这些质谱分析用的蛋白质可以从含有纯的蛋白质的孔内获得或者从SDS-PAGE

凝胶中蛋白质带获得的。PEP 技术也能用于分析同源的酶家族成员从而获得每个酶的功能图谱（例如蛋白质激酶，蛋白磷酸酶，蛋白酶等），从原理上这个PEP 技术能对需要进行功能分析的任何蛋白质家族进行系统地分析鉴定从而更系统的研究它们的生物学意义。